Zeitlich wird das Spiel nach dem Kinofilm Star Trek: Nemesis eingeordnet werden, die Spieler haben die Möglichkeit, sich innerhalb der Föderation eine Rasse auszuwählen. Im Gespräch sind neben den Menschen auch Vulkanier, Trill, Bajoraner und andere.
Um den Star-Trek-Gedanken stärker in den Vordergrund zu bringen, wird ein Player-versus-Player-Spiel (PvP) in der Welt von Star Trek Online nur eine Nebenrolle einnehmen. Die Holodecks werden jedoch diese Möglichkeit bieten können. Der ausführende Produzent Daron Stinnett schreibt in dem <a class="linkartikeltext" target="_blank" href="http://www.startrek.perpetual.com/?p=devblog">Entwicklungs-Blog</a> von Star Trek Online, dass man sich mehr an die TV-Vorlagen halten möchte und weniger an typische Spiele.
